Остров Манхэттен (Манхаттан) расположен близ впадения реки Гудзон (Хадсон), омывающей его с запада, в Верхнюю бухту (Аппер-Бей, Upper Bay). От материка (район Бронкс) на северо-востоке Манхэттен отделен рекой Харлем (Harlem River), от острова Лонг-Айленд на востоке и юго-востоке — проливом Ист-Ривер (Гудзон в Нью-Йорке часто называют Уэст-Ривер).

Размеры острова Манхэттен — 21 км в длину и 3,7 км в ширину в самой широкой его части; площадь — 51,8 км².

В состав городского округа Манхэттен (и округа Нью-Йорк) помимо острова Манхэттен входят также небольшой район на материке — Марбл-Xилл, граничащий с Бронксом (см. выше), и несколько небольших островов:

Рузвельт-Айленд (Roosevelt Island),
Рэндоллс-Айленд (Randall’s Island),
Уордс-Айленд ( Ward’s Island),
Эллис-Айленд (Ellis Island),
Либерти-Айленд (Liberty Island — остров Свободы),
Гавернорс-Айленд (Governors Island — Губернаторский остров),
а также два совсем маленьких островка:
Белмонт-Айленд (Belmont Island) и
Милл-Рок (Mill Rock).